Cuenta la leyenda que, a principios de la Quinta Era, el dios Xólotl tomó la forma de un ajolote mexicano. Hace mucho tiempo, los dioses decidieron reunirse en Teotihuacan para crear el universo ofreciendo su propia vida en sacrificio arrojándose al fuego, uno de ellos no quería hacerlo, pues tenía miedo. Este era Xólotl, el dios perro y gemelo de Quetzalcóatl. Tomó valor y huyó velozmente de Teotihuacan hacia rumbo desconocido. Los Dioses le ordenaron al Viento encontrarlo para que cumpliera el sacrificio. La tarea no era tan fácil, pues Xólotl empezó a transformarse en diversas especies para que no lo hallaran. Al no tener escapatoria, decidió arrojarse al lago convirtiéndose en un axolote. 

Cuando Quetzalcóatl encontró a Xólotl recapacitó y le dijo: cómo te negaste a morir sacrificado para dar vida a otro elemento, toda tu vida permanecerás aquí, pero el día que tu elemento, el agua, ya no sirva, desaparecerás de la faz de la Tierra junto a la raza humana

Precisamente, gracias a esta leyenda del ajolote es que se origina el diseño del jardín botánico. En el polígono central tenemos una estructura rocosa con forma de cabeza de serpiente, que nos recuerda al gran señor Quetzalcoatl, hermano gemelo de Xolotl. 

Podemos observar que los diferentes polígonos que conforman al jardín, nos dan la forma del cuerpo de la serpiente emplumada, bajo esta premisa, a lo largo del terreno se dibujaron escamas. El movimiento natural ondulatorio fue interpretado a lo largo y ancho de los polígonos, esto representa la búsqueda de Xolotl durante su huida. Dentro del jardín botánico se utilizaron plantas con colores que representan el fuego y agua relacionados a la leyenda del ajolote, en primera instancia el fuego que inicia en el polígono superior, conforme bajamos en los pasillos del jardín, podemos observar un degradado de colores entre rojizos - verdes a tonos verdes - azulados, estos últimos representan el agua (ambiente natural donde encontramos a los ajolotes). Finalmente, en el polígono inferior podemos apreciar un llamativo espejo de agua y un simpático ajolote simulando entrar al mismo.